Pospólstwo doznaje życzliwego poparcia Jana Kazimierza i z wdzięczności dochowuje wierności królowi, odmawiając złożenia przysięgi najeźdźcy szwedzkiemu w 1656 r. Walki na terenie cechów powtarzają się, czeladnicy, świadomi swej roli posiadają własną organizację.
W r. 1661 wychodzi w Krakowie pierwsza gazeta polska — „Merkuriusz”.
Drugi najazd szwedzki w 1702 r. wywołuje pożar Zamku, zuboża miasto kontrybucją. Zaraza 1710 r. dziesiątkuje ludność.
U schyłku Rzeczypospolitej szlacheckiej Kraków spada do roli wegetującego, ok. 10-ciotysięcznego miasta. Przemarsze wojsk obcych w XVIII w., saskich, rosyjskich, dopełniły miary zniszczenia. Konfederacja barska, zawiązana w r. 1768 daje dalszy powód do zdobywania miasta przez różne wojska.
W czasie pierwszego rozbioru, granicę zaboru austriackiego stanowi Wisła. Na prawym jej brzegu Józef II zakłada konkurencyjne miasto — Josefstadt, dzisiejsze Podgórze.
Po drugim rozbiorze Kraków staje się kolebką insurekcji. Po upadku powstania wkraczają Prusacy, rabując skarbiec koronny.
W czasie Sejmu Czteroletniego, delegowany przez Komisję Edukacji Narodowej, powstałej z inicjatywy posła krakowskiego Feliksa Oraczewskiego, ks. Hugo Kołłątaj przeprowadza w Akademii Krakowskiej oraz w Liceum Nowodworskiego postępowe reformy. Akademia zrywa ze średniowiecznym scholastycyzmem, urządza nowe wydziały, przygotowując do wykonywania praktycznych zawodów. Z inicjatywy Kołłątaja powstaje w Krakowie m. in. pierwsza polska klinika medyczna, obserwatorium astronomiczne, ogród botaniczny.
Po trzecim rozbiorze Kraków należy do zaboru austriackiego.
W r. 1809 wkracza do Krakowa wojsko polskie pod wodzą ks. Józefa Poniatowskiego; Kraków połączony z miastami Kleparzem i Kazimierzem stanowi odtąd część Księstwa Warszawskiego, powstałego w 1807 r.
Na Kongresie Wiedeńskim w 1815 r., z wielkiego obszaru Rzeczypospolitej przedrozbiorowej powstaje skrawek, obejmujący Kraków z Chrzanowem, N. Górą i Trzebinią oraz 244 wsi o powierzchni ok. 21 mil kwadratowych. Ten nowy twór przyjął nazwę Wolnego i Niepodległego Miasta Krakowa, Republiki Krakowskiej. Państewko to, pod kontrolą trzech rezydentów zaborczych, było miejscem dalszej działalności ogólnopolskiej o charakterze niepodległościowym; tu koncentruje się konspiracja rewolucyjna.
Rewolucja Krakowska 1846 r. pod wodzą Dembowskiego, Tyssowskiego i in. głosząc hasła demokratyczne, uwłaszczenie chłopa polskiego, załamuje się pod przewagą bagnetów austriackich. Na Podgórzu ginie jej przywódca Dembowski. Następuje wcielenie Wolnego Miasta do zaboru austriackiego.
W roku 1848, roku Wiosny Ludów, w pałacu Pod Krzysztoforami rozgrywają się dalsze wypadki rewolucyjne, stłumione krwawo przez przemoc zaborcy.
Następuje germanizacja urzędów, szkół, uniwersytetu. Klęski austriackie we Włoszech oraz wpływ premiera austriackiego — Polaka — Gołuchowskiego, przyczyniają się do przyznania konstytucji dla ówczesnej Galicji, a więc i Krakowa w 1860 r. Pożar w r. 1850 niszczy dużą część miasta.
Na skutek liberalizacji miasto zaczyna się otrząsać z bierności. Daje swój wkład w Powstaniu Styczniowym 1863 r., przeprowadzając nieudaną wyprawę na Miechów, staje się ostatnią ucieczką powstańców.
Rozwija się znowu uniwersytet. Jaśnieją nazwiska profesorów Wróblewskiego i Olszewskiego. Tworzy wielkie malarstwo historyczne Jan Matejko, krzepiąc serca i umysły, że „jeszcze nie zginęła…”
Proces pierwszych socjalistów z Waryńskim na czele, w 1880 r. świadczy o rozwoju idei socjalistycznej w Polsce.
Szereg prezydentów miasta, z dr Józefem Dietlem na czele, kładzie podwaliny pod Wielki Kraków.
Kraków 2-ej połowy w. XIX, aż po pierwszą wojnę światową, staje się ogniskiem polskiej kultury umysłowej i sztuki. Powstanie nowego teatru im. J. Słowackiego upowszechnia twórczość Słowackiego i Mickiewicza. Tworzą postępowi poeci, jak Edmund Wasilewski, później Adam Asnyk, komediopisarze — Bliziński i Bałucki, w okresie Młodej Polski — Przybyszewski, Tetmajer, Rydel, Wyspiański, Boy-Żeleński.
Polska Akademia Umiejętności i Akademia Sztuk Pięknych, to źródła wielkiej, twórczej myśli, promieniującej w kierunku wszystkich zaborów. Powstałe w r. 1883 Muzeum Narodowe gromadzi owoce pracy i twórczości malarzy, m. in. Matejki, Fałata, Wyczółkowskiego, Malczewskiego, Kossaka, Kotsisa, Szermentowskiego, Stanisławskiego, Wyspiańskiego i innych.
W latach 1912—1914 Włodzimierz Lenin opracowuje tutaj szereg zagadnień ruchu robotniczego przygotowując wytyczne do „Tez kwietniowych”. Z Krakowem wiąże swoje archiwum i działalność wydawniczą SDKP i L.
W sierpniu 1914 r. z Oleandrów w Krakowie wyrusza do walki z caratem polska formacja piechoty pod nazwą Pierwszej Kompanii Kadrowej, dowodzona przez Józefa Piłsudskiego.
W końcu października 1918 r., a więc wcześniej od reszty zaborów, Kraków zrzuca wiekowe kajdany niewoli rozbrajając wojska austriackie.
